BioRxiv

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BioRxiv简介

《BioRxiv》是美国的一个非营利组织Cold Spring Harbor Laboratory于2013年创建的学术论文存储和发布平台，也被称为预印本在线期刊。预印本是指科研人员在正式出版之前，自愿将研究成果发布在学术会议或互联网上，以便进行同行交流。与传统在线学术期刊相比，预印本具有类似的特点，如公开发表、标准格式和自动获取等，但最显著的区别是无需同行评审。

BioRxiv官网: https://www.biorxiv.org/

BioRxiv怎么样?

由于无需同行评审，投稿至《BioRxiv》的周期较短，只需通过基本筛查，如非剽窃抄袭、科学性和非攻击性等即可发表。严格来说，《BioRxiv》并非一本杂志，因此没有影响因子。

优势

《BioRxiv》相对于传统期刊的优势有哪些？

为何要将手稿投至《BioRxiv》？首先，可以尽早发表研究成果，避免同行较早发表相似研究成果而打乱发表计划。《BioRxiv》具有高效的时间管理，48小时内即可显示，作为先后顺序的证据。其次，《BioRxiv》发表论文是免费的。此外，与传统论文一样，可通过DOI和PMID进行检索和引用。自《BioRxiv》成立以来，越来越多的医学期刊加入合作，包括《科学》、《自然》和《柳叶刀》等。预计未来将有更多期刊与《BioRxiv》合作。

手稿可在提交其他期刊之前或评审阶段发布在《BioRxiv》上，但如果已被其他期刊接受，则不应再发表于《BioRxiv》上。在正式接受文章之前，作者可随时提交修订版本。一旦手稿提交至《BioRxiv》，作者可收到同行的反馈意见。

当然，第一时间将研究成果发布至《BioRxiv》也存在缺点，若后续投稿不顺利，很容易被他人的最新成果覆盖甚至抄袭。

因此，是否使用《BioRxiv》发布文章需要作者自行权衡利弊。然而，个人认为基础研究周期较长，很少存在被抄袭的情况。而且，对学术不端行为进行了严格查处，一旦确认，相关科研人员将承受巨大的代价。

在生物学领域，文章即你的通行证。然而，文章的发表是一个耗时耗力耗心血的过程，从投稿—送审—收到修改意见—修回—接收，少说也得有3-5个月，这还是在一次性成功的情况下。更常见的是多次修回的，拒稿重投的，耗上个一年半载甚至数年也是常事（Nature论文修回的时间不限，修个两三年也是很常见的事情）。当你急需文章需要毕业或者申请职位或基金时，一个不需要同行评审的预印本发行和存储服务—BioRxiv（发音为bio-archive）或许能帮助你，并且该服务是免费的。

BioRxiv测评

首先简单介绍一下BioRxiv: 它由非营利的研究和教育机构冷泉港实验室在2013年发起并运维，将其作为一种促进学术交流的方法，目前只接收英文手稿。由于不需要同行评审，所以耗时短。只要你的文章通过了攻击性和/或非科学性、剽窃抄袭等基本筛查即可发表。BioRxiv不是杂志，所以没有影响因子。当你将手稿提交到BioRxiv后，你可以收到同行的反馈意见。手稿可以在提交杂志之前或杂志评审阶段发布在BioRxiv上，但如果已被杂志接收，则不应发布。在期刊正式接受文章之前，作者可以随时通过点击作者区域内的“提交修订”来提交文章的修订版本。一旦发布到biorxiv上，文章就可以引用，因此无法删除。

BioRxiv有如下几点优势：1）可以尽早地公开自己的发现，当你的手稿在线发表在BioRxiv后，BioRxiv会显示发表时间，这可以避免以下尴尬：在这漫长的投稿-发表过程中，你的竞争者捷足先登，在杂志上发表了和你类似的发现，这可能会打乱你原来的发表计划，转投其他杂志，或者再补充新的数据超越前者。而BioRxiv因为其时效快，48小时内即可显示，可以作为先后顺序的证据，或引导你和竞争者背靠背发表。2）发表在BioRxiv上的文章也可以作为申请基金或者岗位的筹码，大多数研究资助者开始将预印本“合法化”。目前，英国医学研究理事会、NIH以及霍华德·休斯医学研究所都鼓励受资助者在基金申请书中引用预印本，而不只是经过同行评议的论文。陈和扎克伯格基金会（CZI）甚至要求受资助者在论文被提交给期刊的同时发表预印本。

作为当下生物领域最大的预印本发行服务，BioRxiv的流行度如何呢？哪个专业的文章发表最多呢？发表在BioRxiv上的文章最终发表在哪些杂志上了？这些文章的引用率和下载量如何呢？明尼苏达大学的Ran Blekhman 和Richard J.Abdill就这些问题对2013-2018年11月的37,648篇文章进行了数据分析，他们发现发表在BioRxiv的文章量呈逐年逐月递增趋势（图1a），下载量也成递增趋势（图1b），同时选择发表在BioRxiv的作者数目也在增加（图1c）。其中2018年投稿数目为18,825，比之前四年的总合还多，这里面神经科学和生物信息学方向的文章数目和比重最高，分占一二席。单2018年10月就有2,000投稿量。下载量方面，单篇文章的下载量中位数是279，其中基因组学的单篇下载量中位数最高，为496，但由于神经科学文章量最多，使其在下载总量方面于2018年10月首次超过生物信息学。目前已有十万六千多作者在BioRxiv上投稿，2018年新增了84,000作者。这些数据都显示 BioRxiv越来越被认可。 

 

图1.BioRxiv的累积投稿量、下载量及投稿作者数目。a)投稿量的整体趋势。b) 总下载量的整体趋势。c)每年向BioRxiv投稿的新增作者数及总作者数。

那么这些预印本手稿的发表情况如何呢？如果手稿已发表在杂志上，BioRxiv网站会在文章题目下方给出手稿发表杂志的链接，参照这一数据，迄今为止已有42%的文章被发表。其中进化生物学发表率最高，神经科学发表数目最多（图2）。不过这一统计结果有个小问题，因为有些预印本在发表过程中改变了名称，所以实际上这一数据更高，并且2017年以前上传的预印本发表率基本上在60%以上， 2018年的发表率约为20%，拉低了平均水平，但也可以理解，毕竟2018年新上传的手稿需要足够时间发表。

 图2. 不同专业领域预印本发表的比例（b）和数目（c）

另一个大家比较关注的问题是：预印本都去哪儿了？发表在什么杂志上了呢？数据显示这些文章最终发表在1,531种不同杂志上，其中Scientific Reports 发表了最多（828），其次是elife(750)和PLOS ONE（741）(图3)。虽然数目不多，还是有预印本发在高影响因子杂志上，如：至2018年11月，已有35篇文章发表在Cell上。那么这些文章的发表周期如何呢？作者统计了从预印本上传日期和杂志发表日期的时间间隔，发现发表周期中位数是5.5个月，75%的杂志能在8个月内发表，90%的杂志能在一年内发表，而最长记录是三年七个月。Nature Genetics的中位发表周期最长，约9个月；G3杂志最短，约4个月。

 

图3.预印本的杂志发表情况：发表在Scientific Reports、elife、PLOS One杂志上的预印本数目最多

预印本的下载量可以表征该预印本的受关注程度。作者结合杂志影响因子和预印本下载量发现，高下载量的文章通常也发表在高影响因子杂志上，具有较高的正相关性（图4）。发表在Nature Methods和Nature Genetics杂志上的预印本单篇下载量最高，而PLOS ONE上单篇下载量最低.

图4.发表在不同杂志上的预印本的单篇文章下载量。中间框显示杂志影响因子与其预印本中位下载量的关系。

怎么样？是否也打算将你未发表的手稿先发布在bioRxiv预印本上呢？